El Consejo General del IEEQ integra mediante acuerdo comisiones permanentes, a fin de cumplir con los asuntos de su competencia. Dicho acuerdo debe ser emitido entre los meses de septiembre u octubre de cada año o, en su caso, cuando existan licencias; de igual manera, debe especificar el número de personas integrantes, así como el cargo que ocupará cada consejería integrante, es decir, quiénes fungirán como titulares de la Presidencia, Secretaría y Vocalía/s.
Éstas se conforman al menos por 3 consejerías electorales con derecho a voto; además, algunas de ellas pueden integrarse por las representaciones de partidos políticos con acreditación ante el Consejo General. Dentro de sus competencias y obligaciones pueden emitir informes y dictámenes.
